TOIMIELIMET
Hyvinvointiyhtymän päätösvaltaa käyttää yhtymäkokous, joka kokoontuu vähintään kaksi kertaa vuodessa. Yhtymää johtaa yhtymäkokouksen alainen hallitus. Hallituksessa on kolme jäsenten edustajaa, yksi edustaja Itä-Suomen yliopistosta ja kolme muuta jäsentä. Hallitus valmistelee yhtymäkokouksen asiat ja kokoontuu pääsääntöisesti kuukausittain.
Yhtymäkokouksen valitsema tarkastuslautakunta valmistelee yhtymäkokouksessa päätettävät hallinnon ja talouden tarkastusta koskevat asiat, ja arvioi, ovatko yhtymäkokouksen asettamat toiminnalliset ja taloudelliset tavoitteet toteutuneet, sekä tekee yhtymäkokoukselle esityksen siitä, voidaanko kulloinenkin tilinpäätös vahvistaa ja vastuuvapaus myöntää tilivelvollisille.
Toimielinten tehtävät ja johtamisjärjestelmä on kuvattu perussopimuksessa sekä hallintosäännössä.
KONSERNIJOHTO
Hyvinvointiyhtymän konsernijohtoon kuuluvat hallitus, toimitusjohtaja ja muut hallintosäännössä määrätyt viranomaiset. Yhtymän operatiivisesta johtamisesta vastaa toimitusjohtaja.
Hallituksen jäsenet ja varajäsenet
| Jäsen | Varajäsen | |
| Pohjois-Karjalan hva | Ilkka Pirskanen, puheenjohtaja | Ilkka Naukkarinen |
| Eeva-Liisa Auvinen | Tiina Mikkonen | |
| Etelä-Savon hva | Pirkko Valtola | Mira Ilmoniemi |
| Sami Sipilä | Vesa Vestala | |
| Pohjois-Savon hva | Mia Simpanen, varapuheenjohtaja | Merja Rautiainen |
| Antti Hedman | Jari Saarinen | |
| Itä-Suomen yliopisto | Juha Hartikainen | Veli-Matti Kosma |
Tarkastuslautakunnan jäsenet ja varajäsenet
| Jäsen | Varajäsen | |
| Pohjois-Karjalan hva | Ritva Mahlavuori | Marjo Viitalahti |
| Etelä-Savon hva | Reima Härkönen, puheenjohtaja | Markku Kakriainen |
| Soile Kuitunen | Rita Ruotsalainen | |
| Pohjois-Savon hva | Kati Åhman, varapuheenjohtaja | Pia Hedman |
| Jaakko Kekoni | Simo Juuti |
ISLAB organisaatio
Hallituksen alaisuudessa toimii konsernijohto, jota johtaa toimitusjohtaja. Toimitusjohtajalle suoraan raportoivat viran- ja toimenhaltijat muodostavat johtoryhmän, joka kokoontuu pääsääntöisesti kerran viikossa. Johtoryhmän tehtävänä on tukea toimitusjohtajaa ja johtoryhmän jäseniä toimintojen suunnittelussa, kehittämisessä ja yhteensovittamisessa sekä hallituksessa käsiteltävien asioiden valmistelussa. Johtoryhmä toimii toimitusjohtajan tukena strategisten linjausten valmistelussa ja toimeenpanossa.
Kerran kuukaudessa johtoryhmä kokoontuu laajennettuna. Laajennettuun johtoryhmään kuuluvat johtoryhmän jäsenten lisäksi lääketieteelliset vastuualuejohtajat, koulutuspäällikkö, laatupäällikkö sekä palvelussuhde- ja turvallisuuspäällikkö. Kokouksiin osallistuvat controller sekä hr- ja hallintoassistentti. Laajennettu johtoryhmä käsittelee kuukausiraportin ja keskustelee tulosten johdosta tarvittavista konkreettisista toimenpiteistä. Kokoukset toimivat yhteisen suunnittelun, informaation jakamisen ja päätösten toimeenpanon foorumina.
Johtava ylilääkäri johtaa ja kehittää lääketieteellistä toimintaa, opetusta ja tutkimusta sekä yliopistoyhteistyötä osana ISLABin palvelukokonaisuutta lääketieteellisten vastuualuejohtajien ja sivutoimisten professoreiden kanssa. Lääketieteellinen- ja asiantuntijajohto johtaa myös erikoisalojen lääketieteellistä toimintaa ja ohjeistusta sekä tutkimusvalikoiman kehitystyötä.
Hallinto-organisaatio jakautuu aluelaboratorioiksi. Aluelaboratoriot muodostuvat keskuslaboratorioista (Kuopio, Joensuu, Mikkeli, Savonlinna) sekä sairaala- ja lähilaboratorioista. Aluelaboratorioiden johtajat vastaavat aluelaboratoriokohtaisesta palvelutuotannosta, taloudesta ja asiakassuhteista tukenaan paikalliset johtotiimit sekä muu konsernijohto.