TOIMIELIMET
Hyvinvointiyhtymän päätösvaltaa käyttää yhtymäkokous, joka kokoontuu vähintään kaksi kertaa vuodessa. Yhtymää johtaa yhtymäkokouksen alainen hallitus. Hallituksessa on kolme jäsenten edustajaa, yksi edustaja Itä-Suomen yliopistosta ja kolme muuta jäsentä. Hallitus valmistelee yhtymäkokouksen asiat ja kokoontuu pääsääntöisesti kuukausittain.
Yhtymäkokouksen valitsema tarkastuslautakunta valmistelee yhtymäkokouksessa päätettävät hallinnon ja talouden tarkastusta koskevat asiat, ja arvioi, ovatko yhtymäkokouksen asettamat toiminnalliset ja taloudelliset tavoitteet toteutuneet, sekä tekee yhtymäkokoukselle esityksen siitä, voidaanko kulloinenkin tilinpäätös vahvistaa ja vastuuvapaus myöntää tilivelvollisille.
Toimielinten tehtävät ja johtamisjärjestelmä on kuvattu perussopimuksessa sekä hallintosäännössä.
KONSERNIJOHTO
Hyvinvointiyhtymän konsernijohtoon kuuluvat hallitus, toimitusjohtaja ja muut hallintosäännössä määrätyt viranomaiset. Yhtymän operatiivisesta johtamisesta vastaa toimitusjohtaja.
Hallituksen jäsenet ja varajäsenet
| Jäsen | Varajäsen | |
| Pohjois-Karjalan hva | Ilkka Pirskanen, puheenjohtaja | Ilkka Naukkarinen |
| Eeva-Liisa Auvinen | Tiina Mikkonen | |
| Etelä-Savon hva | Pirkko Valtola | Mira Ilmoniemi |
| Sami Sipilä | Vesa Vestala | |
| Pohjois-Savon hva | Mia Simpanen, varapuheenjohtaja | Merja Rautiainen |
| Antti Hedman | Jari Saarinen | |
| Itä-Suomen yliopisto | Juha Hartikainen | Veli-Matti Kosma |
Tarkastuslautakunnan jäsenet ja varajäsenet
| Jäsen | Varajäsen | |
| Pohjois-Karjalan hva | Ritva Mahlavuori | Marjo Viitalahti |
| Etelä-Savon hva | Reima Härkönen, puheenjohtaja | Markku Kakriainen |
| Soile Kuitunen | Rita Ruotsalainen | |
| Pohjois-Savon hva | Kati Åhman, varapuheenjohtaja | Pia Hedman |
| Jaakko Kekoni | Simo Juuti |
ISLAB organisaatio
Hallituksen alaisuudessa toimii konsernijohto, jota johtaa toimitusjohtaja. Konsernijohdon tehtävänhaltijat muodostavat yhdessä aluelaboratorioiden johtajien ja johtavan ylilääkärin kanssa johtotiimin. Johtotiimi on päätöksiä ja toimeenpanoa yhteisesti valmisteleva ryhmä.
Yhtymän johtoryhmä seuraa toimintaa, henkilöstöasioita, taloutta ja asiakkuuksia sekä niiden kehittymistä. Se arvioi investointeja ja niiden merkitystä, ottaa kantaa uusiin toimintamalleihin sekä linjaa toimintaa. Johtoryhmään kuuluvat konsernihallinnon johtavat viranhaltijat, aluelaboratorioiden johtajat sekä lääketieteelliset vastuualuejohtajat.
Johtava ylilääkäri johtaa ja kehittää lääketieteellistä toimintaa, opetusta ja tutkimusta sekä yliopistoyhteistyötä osana ISLABin palvelukokonaisuutta lääketieteellisten vastuualuejohtajien ja sivutoimisten professoreiden kanssa. Lääketieteellinen- ja asiantuntijajohto johtaa myös erikoisalojen lääketieteellistä toimintaa ja ohjeistusta sekä tutkimusvalikoiman kehitystyötä.
Hallinto-organisaatio jakautuu aluelaboratorioiksi. Aluelaboratoriot muodostuvat keskuslaboratorioista (Kuopio, Joensuu, Mikkeli, Savonlinna) sekä sairaala- ja lähilaboratorioista. Aluelaboratorioiden johtajat vastaavat aluelaboratoriokohtaisesta palvelutuotannosta, taloudesta ja asiakassuhteista tukenaan paikalliset johtotiimit sekä muu konsernijohto.